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git常用命令
##git常用命令//新建一个记录提交操作的文档 touch README.md //初始化本地仓库 git init //添加 git add README.md //提交到要地仓库，并写一些注释 git commit -m "first commit" //连接远程仓库并建了一个名叫：origin的别名 git remote add origin git@github.com:youname/Test.git //将本地仓库的东西提交到地址是origin的地址，ma...…
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Pyramid安装与配置
##前言安装软件之前需要确保你已经安装了python，Mac系统自带了python，如果是其他系统可以考虑安装。##安装Setuptools首先从https://bitbucket.org/pypa/setuptools/raw/bootstrap/ez_setup.py这个网址下载ez_setup.py，然后使用python进行安装，步骤如下：wget -c https://bitbucket.org/pypa/setuptools/raw/bootstrap/ez_setup.pysu...…
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HDFS中shell的常用命令
#HDFS中shell命令语法格式HDFS 是Hadoop分布式文件系统，那么对HDFS的操作，就是文件系统的基本操作，比如文件的创建、修改、删除、修改权限等，文件夹的创建、删除、重命名等。对HDFS 的操作命令类似于lLinux 的shell 对文件的操作，如ls、mkdir、rm 等。我们可以再已经安装HDFS文件系统的操作系统上使用‘hadoop fs’ 看到基本命令，如下图：#命令解释选项名称使用格式含义-ls -ls <路径> 查看指定路径的当前目录结构-lsr -l...…
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Hadoop开发过程中遇到的问题(1)
#前言记录本人在从零摸索hadoop过程中遇到的问题或者错误，以备后续查看或使用。#问题####问题1：Permission denied: user=single, access=WRITE问题描述在Eclipse提交hadoop程序出错：Permission denied: user=***, access=WRITE, inode=”staging”:root:supergroup:rwxr-xr-x。解决方法到服务器上修改hadoop的配置文件：conf/hdfs-core.xml...…
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Eclipse下安装和使用git的笔记
在开发java、javaee等项目时，我们经常会使用eclipse或者myeclipse等ide工具，随着互联网的发展源代码的管理工具也随着不断的变化，从开始的vss、cvs、svn到现在的分布式管理工具git，目前git作为版本控制软件是非常受大家欢迎的。所以我们工作中需要在ide上集成git插件。在eclipse中，egit是其基金会开发的一个插件。#Egit插件安装首先要明确你要安装的Eclipse的版本，不同版本的ide需要安装不同的Egit。这里有eclipse和egit的对应版...…
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Java加载资源的方式
#绝对路径#我们在本机写一些测试方法时，经常会直接把加载文件的路径写死，即写成绝对路径进行处理，毕竟这样节省时间。这里的例子我们忽略文件是否存在等异常问题。String fileName = "/Users/summer/Documents/workspaces/test.properties";Properties p = new Properties();InputStream in = new FileInputStream(fileName);p.load(in);System.o...…
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Centos安装perl语言和perl模块
#写在前面的话#默认安装的centos操作系统，基本上都已经默认安装了perl环境，所以如果仅仅是在一台机器上使用perl语言，我们基本上不需要重新安装perl，除非你需要特定的版本或者合同规定某个特定版本。本人遇到的问题不是特定版本的需求。真实需求：本人使用的SGE计算集群进行基因组的计算任务，计算节点都是通过管理节点安装的，整个集群顺利安装完成。针对软件的要求，需要安装相关的perl环境模块，因为计算节点有30多个，perl模块安装需要在这些节点上进行，工作量巨大，即使可以完成，后续维...…
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怎么配置Tomcat7 Cluster
#理论#如果能够很好的学习和使用一个工具，最简单的方式便是从官方文档中学习。Tomcat7 Cluster配置如下：http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/cluster-howto.html。对于国内的it人员来说，看英文是比较头疼的事情，对本人也是如此。##Tomcat7实现方式##Tomcat7自带的集群功能通过session复制完成，现有两种复制方式:1、DeltaManager:将session复制到所有tomcat节点中，不管是否有相应的...…
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安装配置nginx
#安装说明#系统环境：Linux Centos6.3_64软件：nginx1.7.7下载地址：http://nginx.org/en/download.html#源码安装#//首先下载nginx源文件wget -c http://nginx.org/download/nginx-1.7.7.tar.gz//确保系统安装了g++、gcc、openssl-devel、pcre-devel和zlib-devel软件yum install gcc-c++yum -y install zlib zl...…
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生物信息软件安装[2]
在上一篇《生物信息软件安装[1]》中我们已经介绍了R语言的安装，不过我们在使用R的过程中，经常会遇到使用R的其他模块，比如需要使用ggplot2包，所以我们就需要在R安装的基础上安装ggplot2包。安装完成R之后，进入R的控制台,按照以下命令进行操作即可：[root@celloud ~]# RR version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical...…
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Tomcat7开启Gzip压缩
今天系统突然响应慢了很多，所以就考虑对目前的系统进行优化，底层mysql开启慢查询日志的记录，同时使用一些测试的工作对网站的性能进行测试。我们使用chrome浏览器进行分析加载速度的时候发现很多没有注意到的细节，这是我们以后运维需要加强学习的地方。我们发现有很多css和js文件都100多kb，造成资源加载的时候会非常慢，同时使用一些在线工具eg阿里测等进行监测，我们确实有很多工作可以做，例如开启tomcat的gzip压缩。开启tomcat的gzip压缩需要在tomcat的配置文件serve...…
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Liunx环境变量及软件安装
#写在前面的话#真正开始接触linux操作系统是在工作后，接触的是centos操作系统，当时开发的系统需要部署在centos上，所以慢慢地对centos有所了解。为了更好的学习，就在自己笔记本电脑上安装了ubuntu操作系统，从最初的10.10一直使用到了14.04。这之间服务器也一直在使用centos操作系统，从5.5到了6.5.虽然使用linux操作系统很长时间了，但是总感觉对linux操作系统不是很有感觉，总是有不明白的地方。特别是linux系统软件的安装，即使能够正确安装还是有些胆...…
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生物信息软件的安装[1]
#写在前面的话本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装，生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开，使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装，本文以centos为基础进行。#软件安装列表1、samtools2、R3、Blast4、Bwa5、Bowie#Samtools本文采用的samtools安装版本为：samtools-0.1.19.tar.bz2，如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。//下载samtoolswget -c ht...…
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MariaDB主从复制
#前言#随着系统数据量的增加，单台的数据库系统有时候不能满足实际需求，无论是在安全性、高可用性及高并发等方面。1、可以作为一种备份机制，相当于热备份。主服务器挂掉，从服务器可以提供服务2、可以做读写分离，均衡数据库负载。MariaDB的安装可以参考：MariaDB安装Mysql的安装可以参考：Mysql安装#主从复制（全部复制）###环境##整个系统的配置都是在centos6.3操作系统下进行，机器分别为：192.168.1.100和192.168.1.101主服务器：192.168.1....…
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CentOS6.3安装MariaDB5.5.40
写在前面的废话目前celloud系统要从原有机房迁移到新的环境下，同时也要从mysql数据库迁移到mariadb，在这之前系统的开发已经在mariadb上进行多日的测试。mariadb目前的比较稳定的版本为mariadb5.5.40和10.0.14，为了保证系统的稳定性我们觉得迁移到5.5.40版本。mariadb5.5.*版本和mysql的命令及使用差异很小。接下来我们开始着手在centos6.3上安装mariadb5.5.40。在mariadb官方文档中（https://mariadb...…
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Mac上安装生物信息工具samtools
在生物信息分析工作中，经常会遇到序列格式的转换，SAM格式和BAM格式的转换。所以我们需要安装samtools工作。但是在MAC下面安装和windows下面有些不同。这里我们使用brew进行安装。具体安装步骤如下：brew tap homebrew/sciencebrew install samtools这里和普通的安装不同，我们使用brew安装wget等类似命令时，直接使用brew install wget即可。但是安装samtools需要执行前面的命令。…
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Perl安装本地语言问题
#问题#perl: warning: Setting locale failed.perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = "en_US:", LC_ALL = (unset), LC_PAPER = "zh_CN.UTF-8", LC_ADDRESS = "zh_CN.UTF-8", LC_MONETARY = "zh_CN.UTF-8", LC_NUMERIC = "zh_CN.UTF-8", L...…
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制作自己的ubuntu镜像iso
#需求#最近开发了一个BS的软件，软件主要依赖linux操作系统，并且需要perl语言的支持同时算法会依赖一些linux动态库及组件。如果仅仅是这些需求也就完了，但是客户需要把这套软件制作成单机版，方便一些没有网络的地方使用，同时方便报批国家标准。程序是javaweb项目，即使我们在一个机器上部署也需要安装 jdk、tomcat、数据库等软件。开发人员去实施一点问题都没问，但是如果让客户去给毫无经验的人推广或者报批就麻烦了。同时程序中的特定算法必须在linux操作系统下面运行。所以。。。#...…
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Thunderbird修改配置文件及邮件备份
#写在前面的话#一直希望找一个很好的邮件客户端，可以很好的帮助查收邮件，同时又可以很方便的备份邮件。随着工作时间积累，很多工作都在存在在邮件中。开始工作主要在windows下面进行，随后来到北京后慢慢习惯了ubuntu操作系统的方便，不过最近随着自己的小黑下岗之后，便入手了mac book，所以很希望找一个跨平台的邮件客户端。所以本人选择了Thunderbird客户端，可以在三个平台中安装使用。另外，为了方便在三个平台中邮件数据的同步，本人使用了dropbox进行数据的同步。这样把邮件信息...…
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Ubuntu安装libXrender.so.1动态库
系统刚刚部署到阿里云的ubuntu-server操作系统上面，一直运行不来结果，但是也没有发现出错信息，经过多次查询发现缺少libXrender.so.1库。安装libXrender.so.1库。sudo apt-get install libxrender-dev sudo apt-get install libxtst-dev …
